ISLA DE PASCUA
Los principales problemas que afectan la biodiversidad de Isla de Pascua son la sobre explotación de sus recursos pesqueros de parte de flotas internacionales que capturan los cardúmenes migratorios de atún, y la utilización de redes de pesca por parte de la población local. Últimamente también corren peligro los peces coralinos ya que existen peticiones de captura para acuarios.
TIBURONES.
En Chile existen 56 especies entre tiburones. Gran parte miden menos de un metro y habitan las profundidades. Existen también tiburones de aguas abiertas como los azulejos y el mako. Ambas especies son capturadas a lo largo del país. El azulejo es considerado como pesca incidental y el devuelto al mar. Sin embargo los pescadores le rajan las mandíbulas para sacarles el anzuelo y el animal aunque no es capturado muere finalmente debido a esa mutilación.
ZONA CENTRAL
El litoral de la zona central es uno de los espacios naturales más golpeados por el ser humano. Aquí se concentra el mayor porcentaje de población de Chile junto con la mayor actividad industrial. Esto afecta directamente los ecosistemas marinos al contaminar sus aguas y sobre explotar los recursos. Actualmente gran número de pescadores artesanales se dedican a la extracción de Huiros. Mediante desmonte o desoje, grandes extensiones de bosques submarinos van desapareciendo.
PARQUES DEL SUR
Varias iniciativas buscan la creación de áreas marinas protegidas en la zona de los fiordos, desde Melinka, Tic-Toc hasta Patagonia. Los fiordos son ecosistemas que solo se encuentran en 4 países en el mundo: Nueva Zelanda, Noruega, Canadá y Chile. El principal problema que afecta a estos lugares es el aumento de las concesiones para la instalación de balsas salmoneras. Más de 1600 en la región de Aysén y un número similar en Magallanes.
